Il padre di Saramago, José de Sousa, era un agricoltore, che si trasferì con la famiglia a Lisbona nel 1924, dove trovò lavoro come poliziotto. Il fratello minore di Saramago, Francisco, morì a soli due anni, pochi mesi dopo l' arrivo a Lisbona.

A causa delle difficoltà economiche, Saramago fu costretto ad abbandonare gli studi. Dopo occupazioni precarie di ogni tipo, trovò un impiego stabile nel campo dell' editoria e per dodici anni ha lavorato come direttore di produzione.

Saramago sposò Ida Reis nel 1944. La loro unica figlia, Violante, nacque nel 1947.

Nel 1947 scrisse il suo primo romanzo "Terra del peccato", (che in seguito ripudiò come un figlio scapestrato), ma il Portogallo di Salazar, il dittatore a cui Saramago s'era sempre opposto tenacemente e dal quale era sempre stato pesantemente censurato nella propria attività giornalistica, non l'accolse benevolmente. S'iscrisse clandestinamente al Partito Comunista portoghese nel 1969, riuscendo sempre ad evitare di finire nelle mani della polizia politica del regime.

Durante gli anni sessanta riscosse molto successo la sua attività di critico letterario per la rivista "Seara Nova". La sua prima raccolta di poesie "I poemi possibili" risale a quegli anni, precisamente al 1966.

Negli anni settanta diventò direttore di produzione per una una casa editrice e, dal 1972 al 1973, curò l' edizione del giornale "Diario de Lisboa". In quegli stessi anni pubblicò diverse poesie, "Probabilmente allegria", (1970), cronache, "Di questo e d'altro mondo", (1971); "Il bagaglio del viaggiatore", (1973); "Le opinioni che DL ebbe", (1974) testi teatrali, romanzi e racconti.

Dal 1974 in poi, in seguito alla cosìddetta "Rivoluzione dei garofani" Saramago si dedicò completamente alla scrittura e getta le fondamenta di quello che può essere definito un nuovo stile letterario ed una nuova generazione post-rivoluzionaria.

Saramago pubblica qualche anno dopo, nel 1977, il romanzo "Manuale di pittura e calligrafia", e, nel 1980, "Una terra chiamata Alentejo". Il successo arriverà però con "Memoriale del convento" (1982). Nello spazio di pochi anni altre due opere importanti, "L'anno della morte di Ricardo Reis" e "La zattera di pietra", che gli varranno, oltre al successo di pubblico, numerosi riconoscimenti della critica.

Il riconoscimento a livello internazionale arriverà però solo negli anni novanta, con "Storia dell'assedio di Lisbona", una delle più belle storie d'amore mai scritte, il controverso "Il Vangelo secondo Gesù" e "Cecità", forse il suo capolavoro.

Eletto nel 2002 presidente onorario dell'associazione Luca Coscioni per la libertà di ricerca scientifica.

Attualmente vive a Lanzarote, nelle Isole Canarie. Saramago è stato membro del Partito Comunista portoghese dal 1969 e le sue posizioni sulla religione hanno suscitato notevoli controversie in Portogallo, specialmente dopo la pubblicazione de "Il Vangelo secondo Gesù Cristo".

Nel commentare il conflitto israelo-palestinese, Saramago ha recentemente affermato che gli ebrei non si meriterebbero più "comprensione per le sofferenze patite durante l' olocausto. Vivere nell' ombra dell'olocausto ed aspettarsi di essere perdonati di ogni cosa che fanno, a motivo della loro sofferenza passata, mi sembra un eccesso di pretese. Evidentemente non hanno imparato molto dalla sofferenza dei loro genitori e dei loro nonni." La Lega per l' Anti-Diffamazione (ADL), potente associazione lobbistica ebraica per i diritti civili, ha definito queste affermazioni 'anti-semite'. Abraham Foxman, il presidente dell' ADL ha dichiarato: "I commenti di José Saramago sono sovversivi e profondamente offensivi, oltre a dimostrare l'ignoranza relativa agli argomenti che porta a sostegno dei suoi pregiudizi nei confronti degli ebrei" .

Saramago ha, per contro, dichiarato che i suoi commenti erano diretti alla politica dello Stato di Israele nei confronti dei palestinesi. Ha dichiarato che Israele non può affermare di rappresentare legittimamente il giudaismo a livello mondiale e che sta usando le accuse di anti-semitismo per sminuire qualsiasi critica riguardante azioni ingiustificabili e che sarebbero considerate inaccettabili se perpetrate da qualsiasi altro stato medio-orientale. Berger, Chomsky, Pinter, Saramago "Lettera sul Conflitto Israele-Palestina".

Uno dei tratti più caratterizzanti le opere di Saramago è quello di presentare eventi storici da prospettive piuttosto insolite e controverse, cercando di mettere in luce il fattore umano dietro l' evento. Sotto molti aspetti, alcune sue opere potrebbero essere definite allegoriche. Saramago tende a scrivere frasi molto lunghe, usando la punteggiatura in un modo che a noi potrebbe sembrare scorretto. Non usa le virgolette per delimitare i dialoghi, alcune delle sue frasi possono essere lunghe anche più di una pagina e mette le virgole dove la maggior parte degli scrittori userebbe dei punti. Molti dei suoi paragrafi hanno la lunghezza di capitoli.

Molte delle sue opere, come Cecità, Saggio sulla lucidità, Le intermittenze della morte iniziano con un avvenimento inaspettato, surreale o impossibile. Da questo avvenimento scaturisce poi una storia reale, pretesto per studiare le mille forme del comportamento e del pensiero umano. La storia in realtà è un pretesto, si snoda attorno ad un fatto compiuto, ineluttabile. Non ci si deve domandare come sia potuto accadere: è successo, punto e basta. Ora i protagonisti (spesso senza nomi propri) devono cercare con le loro sole forze di uscire dalla situazione che si è venuta a creare.

Il modo di scrivere è spesso ironico: ai personaggi non vengono risparmiate critiche per i loro comportamenti, spesso discutibili, ma profondamente umani: non ci sono eroi, ma semplicemente uomini, con i loro pregi ed i loro difetti. Ed in effetti non manca la pietà e la compassione dello scrittore per essi, piccoli rappresentanti del genere umano.